长江中下游流域包括长江流域自三峡库区以下至长江口的广大区域，流域面积约77.2万平方公里，涉及广西、湖南、湖北、河南、江西、安徽、江苏、浙江、陕西、上海等10省（区、市），共66个市（州）505个县（市、区）。根据污染状况及汇水特征，将长江中下游流域划分为长江干流、长江口、汉江中下游、洞庭湖、鄱阳湖、丹江口库区及上游、太湖和巢湖等8个控制区。丹江口库区及上游、太湖和巢湖等3个控制区作为全国水污染防治的重点流域，分别编制水污染防治规划；湘江流域重金属污染防治制定专项方案。本规划区域包括长江干流、长江口、汉江中下游、洞庭湖和鄱阳湖等5个控制区，流域面积约63.3万平方公里，涉及广西、湖南、湖北、河南、江西、安徽、江苏、上海等8省（区、市），共55个市（州）408个县（市、区）。