国务院南水北调工程建设委员会办公室主要职责内设机构和人员编制规定（2003年） 组织南水北调枢纽和干线工程、治污工程及移民工程的监督检查和经常性稽察，提出监督检查报告，督促监督检查整改意见的落实；承办南水北调工程阶段性验收的组织协调工作及竣工验收的准备工作。

组织南水北调枢纽和干线工程、治污工程及移民工程的监督检查和经常性稽察，提出监督检查报告，督促监督检查整改意见的落实；承办南水北调工程阶段性验收的组织协调工作及竣工验收的准备工作。

机关党委。负责机关及在京直属单位的党群工作，办事机构设在综合司。