国务院南水北调工程建设委员会办公室主要职责内设机构和人员编制规定（2003年） 承办协调落实“先节水后调水，先治污后通水，先环保后用水”原则的有关措施的具体工作；指导、协调和监督南水北调工程移民安置规划的实施；研究拟订南水北调工程有关移民政策；参与审核南水北调治污工程、移民工程项目建议书、可行性研究报告；参与编制治污工程、移民安置年度计划并对执行情况进行监督检查；参与协调工程项目区环境保护和生态建设工作；协调南水北调工程调水区、受水区水资源、生态环境和水土流失监测工作；协调移民工作中的重大问题；参与指导、监督工程影响区文物保护工作。