国家自然科学基金委员会职能配置、内设机构和人员编制规定（2000年） 组织拟定管理科学领域的发展战略、优先资助领域和项目指南；负责受理、评审和管理各类管理科学基金项目；负责国际合作交流项目的组织与管理；负责专家评审系统的组织与建设；承担重要科学问题的咨询；承办自然科学基金委交办的其他事项。

组织拟定管理科学领域的发展战略、优先资助领域和项目指南；负责受理、评审和管理各类管理科学基金项目；负责国际合作交流项目的组织与管理；负责专家评审系统的组织与建设；承担重要科学问题的咨询；承办自然科学基金委交办的其他事项。

机关党委。负责自然科学基金委机关和直属事业单位、挂靠单位的党群工作。