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核苷酸和/或氨基酸序列表和序列表电子文件标准(2001年) (2)

(2) 纯氨基酸序列:

对于氨基酸序列,蛋白质或肽序列中的氨基酸应当从左到右以氨基到羧基的方向列出;序列中不应当出现氨基或羧基基团。

氨基酸应当使用与附录1之表3中的符号相一致的、第一个字母大写的三字母符号表示。有空白或内部中止符号(例如“Ter”或“*”或“·”)的氨基酸序列不应当表示为单个氨基酸序列,而应当作为独立的氨基酸序列分别列出。

在一个氨基酸序列中,如果经修饰的氨基酸是附录1之表4中列出的氨基酸之一,那么在该序列本身中,应当用相应的未经修饰的氨基酸或“Xaa”来表示该经修饰的和不常用的氨基酸,符号“Xaa”等同于唯一的一个未知的或经修饰的氨基酸;但在该序列的特征部分(数字标识符<220>-<223>),应当使用附录1之表4中给出的符号进一步表述该修饰(参见本标准4.4.5节)。附录1之表4中的符号可以用于说明书或序列的特征部分,但不得用于序列本身。

氨基酸的编号开始于序列中的第1个氨基酸,以数字1表示并标注在该氨基酸的下面;以后每隔5个氨基酸在其下面标注上该氨基酸的编号。当成熟蛋白质之前存在氨基酸时,例如对于前-序列,原-序列,前-原-序列和信号序列而言,可以任选地从与成熟蛋白第一个氨基酸相邻的氨基酸开始以负数往回编号。当氨基酸编号使用负数以区分成熟蛋白质时,不得使用数字0。上述氨基酸序列的计数方法也适用于环状构型的氨基酸序列,申请人可以任意指定第一个氨基酸。

来自大序列的一个或更多非邻接区段或不同序列的区段组成的氨基酸序列,应当作为具有单独序列标识符的单独序列来计数。具有一个缺口或多个缺口的序列应当作为具有单独序列标识符的多个单独序列来计数,单独序列的数目与序列数据的连续序列的数目相同。

氨基酸序列每行最多16个氨基酸,每个氨基酸之间空一格。